Начинали возводить собор в конце 1892 года в византийском стиле. Затем, после прихода к руководству епископов других убеждений, его стали перестраивать по архитектурным традициям римско-католической церкви, точнее по образам французской готики. Основание у собора в виде креста, слева и справа от центрального входа планировалось возвести две башни, очень похожие на башни знаменитого парижского собора Нотр-Дам. Это сходство должны были дополнять стрельчатые арки главного портала, изваяния фигур святых вдоль стен и окно-розочка с витражами над главным порталом.

Размеры собора поражают. Он действительно гигантский.  Его общая площадь составляет два футбольных поля. Окно-розочка составленное из тысячи кусков цветного стекла, в диаметре свыше 12 метров. Одновременно собор может принять 5 тысяч верующих.

Колоссальные размеры собора это результат амбиций представителей епископальной церкви Нью-Йорка. В 1878 году католики города построили храм Святого Патрика в стиле неоготики. В то время этот католический собор был самым большим в Нью-Йорке. Представители епископальной церкви решили обогнать «соперников по вере» и построить епископальный собор в два раза больше.

Однако стройка собора затянулась. Пожертвования поступали неругярно. К началу XX века готов был только фундамент. Церемония освящения собора, еще недостроенного, состоялась в 1941 году. После вступления США во Вторую мировую войну все средства епископальной церкви пошли на благотворительность другого свойства. И после войны строительство не очень продвинулось. Собор остался только при одной башне.

В 2001 году на стройке собора произошел пожар. Следы того разрушительного пожара удалось устранить. Сегодня собор готов на две трети. Несмотря на недостроенность одной башни, в год храм Иоанна Богослова посещают около полумиллиона верующих. Для их привлечения отцы епископальной церкви не поскупились и выставили в соборе разные сокровища. Например, гобелены XVII-XVIII веков с изображением страстей Христовых, картины известных художников, разные дары, привезенные из святых мест земли.

В соборе также есть памятники жертвам христианской истории. Привлекает верующих и библейский сад собора, в котором высажены все растения, о которых говорится в Библии.