Будущий художник родился в купеческой семье. Его отец Иван Васильевич Шишкин, человек энер­гичный и предприимчивый, будучи городским головой, вместе с дру­гими купцами немало сделал для благоустройства Елабуги, входив­шей в то время в Вятскую губер­нию. На собственные деньги он провел водопровод, которого не было еще и в Казани. Человек раз­нообразных интересов, он собрал большой материал по истории го­рода и с помощью земляка, про­фессора Московского университета К. И. Невоструева издал «Историю города Елабуги», за что был избран почетным членом-корреспондентом Московского археологического общества.

Обследуя окрестности Елабуги, И. В. Шишкин недалеко от деревни Ананьино обнаруживает древ­ний курган. Ананьинский могиль­ник дал название археологической культуре.

В семье надеялись, что сын про­должит торговое дело отца, но, с детских лет проявляя интерес к искусству, он не обнаруживал ни способностей, ни тяги к предприни­мательству. Получив первоначаль­ное образование в уездном учи­лище, в 1844 году мальчик посту­пает в Первую мужскую гимназию в Казани. Однако, по словам са­мого Шишкина, уклад гимназии не соответствовал его стремлениям и после летних каникул 1848 года он не вернулся в гимназию, «чтобы не стать чиновником».

Крепло желание заняться живо­писью профессионально, и в 20 лет он поступает в Московское учили­ще живописи и ваяния, а затем продолжает обучение в Петербург­ской академии художеств, которую оканчивает с Большой золотой ме­далью.

Произведения Шишкина, отра­жающие родную природу, соответ­ствовали направлению, которое развивалось Товариществом пере­движных художественных выста­вок. Вместе с такими художника­ми, как И. Н. Крамской, В. Г. Перов, А. К. Саврасов, он становится учредителем Товарищества.

Живописное наследие Шишки­на огромно. Значительное место в его творчестве занимает рисунок и гравюра. Работы Шишкина хра­нятся в Государственной Третья­ковской галерее, Государственном Русском музее, Музее изобрази­тельного искусства Республики Та­тарстан и в десятках других музеев страны. Главной их темой являет­ся тема Родины, раскрываемая им в образе природы. И. Н. Крамской писал: «Шишкин — верстовой столб в развитии русского пейзажа, это человек-школа».

Будучи известным художником, И. И. Шишкин постоянно приез­жает в Елабугу, много пишет с на­туры. В последний раз он побывал в родном городе за год до смерти, в 1897 году. 8 марта 1898 года художник умер в своей петербург­ской квартире перед мольбертом с кистью в руке.