Сезон закончил ряд сценарных линий, которые начались еще во втором сезоне, и ввел несколько новых сюжетных элементов. Основное повествование сосредоточено вокруг заговора, которая направлена на сокрытие приобретенного Малдером видео со вскрытием пришельца, поисками Скалли убийцы своей сестры и тайны, что окружает Мистера X (Стивен Уильямс). К сюжету 3 сезона впервые попали такие персонажи, как Первый старейшина (Дон Сек. Уильямс) и черный инопланетный вирус. Кроме того, в этом сезоне представлен широкий спектр «монстров недели»: эпизодов содержит самостоятельные истории и не влияют на общую мифологию сериала.
Сезон превзошел рейтинги предыдущих двух. Премьерный эпизод «Благословенный путь» дебютировал с рейтингом Нильсена в 19,94 миллионов зрителей, что вдвое превзошло премьеру предыдущего сезона. В течение показов рейтинги последовательно превышали 15 миллионов зрителей, что сделало его одним из самых популярных сериалов на телевидении США сезона 1995-1996 годов. Сезон получил в основном положительные отзывы от телевизионных критиков, выиграл пять наград «Эмми». Много эпизодов, написанных сценаристом Дарином Морганом, в частности «Последний отдых Клайда Бракмана» и «„Из открытого космоса“ Джо Чанґа», получили признание критиков как одни из лучших в сериале. Морган оставил сериал после завершения 3 сезона за неспособность идти в ногу с динамичным характером шоу. Он вернулся только в десятом и одиннадцатом сезонах.
Сюжет
Агента ФБР Фокса Малдера находят полуживого в пустыне после того, как Курильщик отдал приказ военным сжечь вагон с доказательствами научных экспериментов, не зная, что Малдер находится внутри. Индеец из племени навахо, Альберт Гостін, возвращает Фокса Малдера к жизни. Тем временем Скалли расследует возможную причастность программы по уничтожению оспы до генетических экспериментов над людьми. Она обнаружила, что нацистский ученый, который бежал в США после Второй мировой войны, в процессе операции «Скрепка» проводил эксперименты с целью создания гибрида человека и инопланетянина. Вследствие этого на Скалли совершают покушение и случайно убивают ее сестру Мелиссу, которую перепутали с самой Дейною.
Исследуя доказательства вскрытия пришельца, Малдер выходит на след засекреченных правительственных железнодорожных перевозок гибрида человека и инопланетянина. Фоксу удается попасть в один из таких вагонов, где он едва не погибает от рук охранников Синдиката. Однако его спасет информатор Мистер Икс. Скалли тем временем выходит на группу женщин, также переживших похищения похожи на ее, и встречает еще одного члена Синдиката, известного как Первый старейшина, который утверждает, что во время ее похищения она была размещена в похожем вагоне и стала жертвой экспериментов японских ученых.
Экипаж французского спасательного судна, который пытается поднять подводная лодка эпохи Второй мировой войны с морского дна, становится жертвой радиационного излучения. Единственным исключением становится водолаз, который заразился паразитом, который был обнаружен на подводной лодке. Данный внеземной вирус, контролируя тела жертв, в конце захватил тело Алекса Крайчека, на поиски которого отправился Фокс Малдер, и взял под свой арест. В итоге зараженного Крайчека поместили в ракетную шахту, которая использовалась для сокрытия НЛО и паразит покинул его тело. Тем временем Скалли удается отследить Луиса Кардинала, человека, которая ответственна за убийство ее сестры.
В ролях
Дэвид Духовны — Фокс Малдер, специальный агент ФБР, который работает в специальном отделе с грифом «X». Получает кассету с совершенно секретными документами Министерства обороны США и пытается их расшифровать, чтобы не только доказать свои убеждения, но и узнать правду о своем отце. Попытки расшифровать документы приводят его в индейскую резервацию в Нью-Мексико.
Джиллиан Андерсон — Дэйна Скалли, специальный агент ФБР, врач и ученый, который работает в специальном отделе с грифом «X». Становится жертвой похищения, цели и лица причастные к которого остаются неизвестными. Пытается помочь Малдеру раскрыть правду, несмотря на то что не поддерживает его убеждения.
