В пещерах монастыря, которые еще называются "Богом зданные", похоронено более 14 тысяч человек – это монахи, окрестные жители, воины, защищавшие монастырь.  До сих пор не получило научное обоснование явление,  которое наблюдается в этих подземных пещерах: в них постоянно прохладно и всегда очень свежий воздух. Мало того, при помещении умерших в эти пещеры,  сразу исчезает  запах разложения тела. 

Светская наука пыталась объяснить это явление особыми свойствами песчаника, который поглощает запахи,  монахи же все до одного верят в святость данного места – в нем захоронено много молитвенников и людей, почитающихся как святые.

Сами экскурсии по пещерам оставляют неизгладимое впечатление на любого, кто осмеливается войти в них.  Освещают путь  только  горящие свечи, кристальный чистый, пронизывающий воздух, длинные лабиринты, а вокруг -  звенящая тишина.  Невольно хочется не упустить из виду монаха, который ведет  по разным тоннелям.  А если он еще и рассказывает загробным голосом про грехи и конец света, то становится немного не по себе.

Примечательным фактом  истории монастыря является то, что он ни разу не закрывался, и в нем всегда проходили богослужения в течение всего периода существования, то есть больше пяти сотен веков.   Этот факт удивителен,  ведь за это время были и войны, и жестокие гонения советской власти. Спасал только героизм и самоотверженность  людей, которые посвятили себя служению.  

Во времена массовых гонений на  церкви и монастыри  в советское время предпринимались многочисленные попытки закрыть в том числе и Псково-Печорский  монастырь.  В очередной раз приехала комиссия с постановлением о закрытии.  Как рассказывают очевидцы,  представители власти передали настоятелю постановление. Тот серьезно ознакомился с документом и… швырнул его в горящий камин.   Обезоруженная делегация, да еще и без бумаг,  поспешно ретировалась.

Есть удивительная книга про Псково-Печорский монастырь и его обитателей под названием «Несвятые  святые»  Архимандрита Тихона (Шевкунова).  Он с огромным уважением и любовью вспоминает многочисленные истории и рассказы, воссоздавая  ту   удивительную и таинственную  атмосферу, которая всегда окружала  происходящее в нем. Описывая действия  одного из настоятелей монастыря Алипия  в советское время,  он рассказывает такой случай. Представители советской власти  в очередной раз пришли с постановлением о закрытии монастыря. И настоятелю пришлось прибегнуть к крайне опасной мере. Он заявил, что в монастыре сохранилось много оружия со времен войны и многие из братии -  фронтовики, которые будут сражаться до последнего. 

Далее Алипий сказал, что взять монастырь можно будет только с помощью авиации, а чем непременно будет рассказано по «Голосу Америки».  Такое неожиданное заявление повергло комиссию в шок,  и заставило задуматься, а вдруг это правда? Такая угроза сработала. Монастырь на некоторое время оставили в покое. 

Ситуаций, когда монастырь мог быть закрыт или разорен, было множество.  Каждый раз он оживал непостижимым образом благодаря неожиданным поворотам судьбы (например, во время Великой отечественной войны эта территория принадлежала Эстонии) или усилиями живущих в нем людей. 

В нынешнее время Псково – Печорский монастырь также является местом массового паломничества и культурной ценностью.