Сталкивался с подобным много раз. В первую очередь проверьте BIOS на предмет приоритета загрузки. Если все ок, то чаще всего причина - неправильно записанный загрузчик или неправильный сам загрузчик.
Прежде всего стоит проверить, в какой файловой системе отформатирована флэшка. Часто в самой программе (или в руководстве к ней) пишется, какая файловая система предпочтительнее, но чаще всего это NTFS.
Если все отформатировано, но все равно не грузится, то смотрите в сторону самой программы. Многие из них почему то не выполняют своего основного предназначения, поэтому как вариант - нужно попробовать другую программу.
Если проблема осталась, то нужно попробовать заменить флэшку. Случается, что загрузчик попадает на нечитаемую область и отказывается загружаться. Особенно это касается старых флэшек.
Так же стоит поискать альтернативный компьютер и попробовать на нем. Недавно столкнулся с проблемой, когда загрузчик не шел из за недостающего напряжения на USB порты. Как ни странно но это факт. В моем случае мат. плата была изошенная MSI. Если у Вас старый MSI, тогда еще больше рекомендую попробовать загрузиться на другой машине.