Видимо вашего котенка что-то не устраивает. Либо наполнитель ему не нравится, либо лоток не удобный, например, если котенок совсем маленький, ему может быть трудно забираться в лоток и пытается найти более удобные варианты, как раз ночью, пока как бы никто не видит. Возможно котенок устроил протест против чего-то и так привлекает к себе внимание, тогда старайтесь больше проводить с ним время, играть. Если котенку почти год, возможно, он начинает метить территорию.