Здравствуйте!
Согласно пункта 5 статьи 5 Федерального закона «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей», Вы должны подать заявление в МИФНС №46 по г. Москве в течение 3 рабочих дней с момента принятия решения (заключения договора).
Отказ по основанию несоблюдения срока не предусмотрен вышеназванным законом, соответственно Вам вряд ли откажут по данному основанию. На практике, к руководителю Вашей организации (или иному уполномоченному лицу) могут применить административную ответственность по части 3 статьи 14.25 КОАП РФ, что влечет за собой ответственность в форме предупреждения или штрафа в размере 5000 рублей.