Главной немецкой рекой по праву считается Рейн, берущий начало в швейцарских Альпах на высоте 2412 метров. Река впадает в Северное море. Рейн течет по территориям шести европейских стран (кроме Германии, река протекает по площади Нидерландов, Швейцарии, Франции, Лихтенштейна и Австрии). Большая часть русла Рейна (865 км из 1233 км) находится в Германии. Река судоходна, практически не замерзает зимой, полноводна, питается за счет множества притоков. Площадь бассейна Рейна в пределах страны порядка 170 тыс. кв км. Расход воды Рейна в районе города Эммерих составляет 2300 кубометров в секунду.

Второй важнейшей рекой Германии считается Эльба. Хотя её истоки находятся в Чехии, основное течение реки проходит по Германии. Длина немецкой части Эльбы составляет 727 км, а площадь бассейна – 148 тыс кв км.. В основном это река равнинная, максимальный уровень воды в ней наблюдается весной (иногда происходят затопления некоторых немецких городов, так как уровень воды поднимается более чем на 10 метров), минимальный – летом. Интенсивное судоходство по реке прекращается лишь на два месяца в году. Впадает Эльба в Северное море. В устье, где находится крупный морской порт Гамбург, ширина русла доходит до 500 метров.

Самая крупная река Евросоюза, Дунай, протекает через десять государств и впадает в Черное море. Истоки Дуная и 647 км русла находятся на территории Германии. Дунай берет свое начало на высоте 678 метров над уровнем моря в горах Шварцвальда. Дунай замерзает только в холодные зимы на пару месяцев. По территории Германии протекают несколько крупных притоков реки. В частности, Инн (общая длина 525 км), Изар (283 км) и Иллер (163 км).