Инструкция
1
В настройках многих программ (но, конечно, не всех) есть пункт, позволяющий выставить или отменить их автозагрузку. В этом случае все просто.
2
В ряде случаев программа исполняет автозагрузку просто оставив свой ярлык в папке "автозагрузка" системы Windows. Удаление ярлыка оттуда отменит и загрузку программы.
3
Чаще всего автозагрузка программ прописывается в реестре, в частности в ключах:

[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run]

[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ RunOnce]

[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ RunOnceEx]

[HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run]

[HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion\ RunOnce]

[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ RunServices]

[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ RunServicesOnce]
Удалите оттуда записи о программе, и она не будет загружаться автоматически.
4
Лучше всего воспользоваться специализированными программами, например, программой Codestuff Starter, позволяющей отменить (или наоборот - выставить) автозагрузку любой программы без труда.